Důvodem vzniku Metal Gear Solid: Portable Ops byl do jisté míry nejasný konec Metal Gear Solid 3: Snake Eater a otázky, které vyvolal. Každý si jistě po dohrání velkolepě pojatého finále Metal Gear Solid 3: Snake Eater položil palčivou otázku: "A jak že to bylo s tím slavným Big Bossem dál?". Důvodem bylo jistě i to, že se nový, mladý a ambiciózní tým v novém studiu Kojima Productions chtěl představit a uvést v dobrém světle. Metal Gear Solid: Portable Ops získal exkluzivitu pro PSP a byl pokusem o nové pojetí žánru "stealth action" a dokonce s sebou přinesl i zajímavý online mód. Příběhově měl vyplnit mezeru mezi Metal Gear Solid 3: Snake Eater a první hrou Metal Gear a poodhalit tak další osudy a vývoj Big Bosse, založení jednotky Foxhound a vznik Outer Heaven. Vývoj PSP her není tak složitý, jako pro jiné konzole, a tak byl Metal Gear Solid: Portable Ops dokončen už na konci roku 2006. Nejdříve vyšel v prosinci v USA a o pár dní později i v Japonsku. V Evropě se hráči dočkali až v květnu 2007.

Metal Gear Solid: Portable Ops doznal velkých změn a i zaryté znalce ze začátku překvapil. Stále to byla stealth action, ve které přežít znamenalo zůstat skryt. Kartonové krabice, větrací šachty, průlezy, dobře kryté rohy, porno časopisy a uspávací pistole plnily i zde důležitou úlohu. Hrou už však nebylo možné procházet kontinuálně jako dříve, ale bylo třeba hru hrát po jednotlivých misích. Ze začátku bylo k dispozici jen několik málo misí, ale čím více se hrou postupovalo, tím více misí se otevíralo. Každá mise měla svůj cíl a úkol, bez jehož splnění nebyla mise úspěšná. Tou největší změnou v Metal Gear Solid: Portable Ops bylo však to, že Big Boss nebyl ve svém boji sám a nebyl jedinou hratelnou postavou. Příběhově a pochopitelně i hratelně si Big Boss budoval svou soukromou armádu vojáků, která se v mnohém podobala té, kterou Big Boss později vytvoří v Outer Heaven. Systém získávání a verbování vojáků byl tím nejlepším a nejskvělejším příkladem toho, že noví tvůrci v Kojima Productions byli schopni dostát vize Hidea Kojimy a přetvořit žánr stealth action. Voják se naverboval tak, že se jednoduše omráčil nebo uspal, a odnesl do připravené dodávky, která byla v každé misi. Každý voják měl své schopnosti a vybavení, takže záleželo jen na hráči, koho si nechá v týmu a koho propustí. Metal Gear Solid: Portable Ops představil i nový online mód, takže bylo možné si se svým týmem zahrát i proti jiným hráčům. Naverbovaní vojáci se mohli rozdělit do čtyř skupin: zdravotníci, inženýři, špioni a sneaking unit, kteří se účastnili misí po boku Big Bosse. Po grafické stránce se konala miniaturizace Metal Gear Solid 3: Snake Eater do malého přenosného přístroje. PSP má své hranice, ale přesto bylo grafické provedení nadmíru uspokojivé, i když prostředí trošku zhranatělo. Proto bylo celé prostředí chytře situováno do lokací, kde je těchto tvarů požehnaně (např. město, základna atd.). Přesně tak, jak to svého času bylo i u Metal Gear Solid. Modely postav si však udržely vysoký standard. Namísto enginových filmečků provázely příběh tentokrát elegantní pohyblivé komiksové sekvence od Ashley Wooda, opatřené dabingem. Po hudební stránce Metal Gear Solid: Portable Ops poněkud zaostává, protože Harry Gregson-Williams se v době vývoje hry plně s Kojimou soustředil na Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots. Jen titulní píseň "Calling To The Night" v podání zpěvačky Natashi Farrow si udržela vysoký hudební standard předchozích dílů.

Příběh v Metal Gear Solid: Portable Ops byl pokračováním Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Odehrával se v letech 1970-1971. Big Boss je zajat členem jednotky FOX a uvězněn na poloostrově San Hieronymo v Jižní Americe. Důvodem je to, že si vláda USA myslí, že Big Boss má stále údaje o kontu "Philosophers‘ Legacy". Big Boss se dostane z vězení a odhaluje tajný plán CIA, která se snaží zvýšit svůj vliv na společnost prodloužením Studené války. Velitelem vzbouřené jednotky FOX je Gene, spolupracující se CIA. Ten má za úkol dodat sovětům ukradený první model Metal Gearu, zvaný RAXA, a vyrovnat tak síly USA a SSSR. Plán Gena je však poněkud jiný a to zaútočit na Pentagon, zničit tak CIA, a rozpoutat válku mezi SSSR a USA. Potají buduje svou armádu vojáků, zvanou "Army Heaven", která má po apokalyptické válce určovat další běh dějin. Tak začíná další cesta Big Bosse za záchranou své země, která ho již tolikrát zradila. Myšlenku Army‘s Heaven Big Boss později přetvoří na Outer Heaven...

Metal Gear Solid: Portable Ops ukázal, že nejen Kojima vyniká tvůrčími nápady a dokáže udělat úspěšnou hru. První opravdový díl série na PSP si vedl velmi dobře, a stal se jednou z nejlepších her na přenosný systém od Sony. Pomohl zkrátit dlouhé čekání na Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots a stal se pádným důvodem pro koupi PSP. Hodnocení byla na PSP titul nebývale vysoká: IGN 9/10, GameSpy 5/5, GameZone 9/10, GamePro 4/5. Český OPSM 2 dal s klidným svědomím 9/10. V září a v listopadu 2007 vyšla v Japonsku a USA vylepšená verze s názvem Metal Gear Solid: Portable Ops Plus. V Evropě vyšla až v březnu 2008.

S Metal Gear Solid: Portable Ops se uzavřel příběhový kruh, který Kojima s Metal Gear Solid 3: Snake Eater v roce 2004 otevřel. Nyní už jen zbývala otázka, jak Kojima celou sérii ukončí, protože Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots měl být nejen konec celé série, ale na dlouhou dobu i jeho poslední hrou...