S Ms Pac-Man byly vždy problémy ohledně licenčních poplatků, protože postavu nevytvořilo Bandai Namco, ale společnosti Midway (práva na výrobu produktů spojených s Pac-Manem v Severní Americe) a General Computer Corporation (GCC). A pokaždé, když se Ms Pac-Man objevila v nějaké hře, mělo Bandai Namco dlužit GCC za licenci. I proto už delší dobu probíhá spor o práva, který zatím nespěje k nějakému konci, z něhož by mohli profitovat hlavně hráči. Vše se navíc zkomplikovalo před třemi lety, když společnost AtGames vydala miniaturní automat Ms Pac-Man, ačkoliv k tomu nemělo od Bandai Namco svolení. I proto hned Bandai Namco zažalovalo společností AtGames, která ovšem o týden později uzavřela dohodu s GCC. Od té doby raději Bandai Namco postavu Ms Pac-Man do svých her nezařazuje, aby spor o licenční poplatky nekomplikovalo.