V Pikmin 3 jsou v hlavní roli nejen původní červení, žlutí a modří Pikminové, kteří mají speciální schopnosti, ale také se setkáte s dvěma novými typy Pikminů, kteří vám umožní použít nové strategie. Seznamte se s Rock Pikminy, kteří jsou nejstatnější ze všech a můžete je použít na roztříštění skleněných stěn nebo schránek nepřátel! Dalšími nováčky jsou Winged Pikmini, kteří mají schopnost létat a zvedat věci nad zem a vytvářet nové cesty.

Ve Story módu můžete ovládat také tři nové postavy Alpha, Brittany a Charlie, které mají za úkol zachránit jejich planetu Koppai od hladovění a najít planetu PNF-404, na které je výživné ovoce. Na PNF-404, která je plná nepřátelských obyvatel není toto nebojácné trio samo. Naštěstí je ale podpoří malá armáda Pikminů, která splní jakýkoliv jejich příkaz.

Vaší věrní Pikminové používají svůj unikátní talent pro hledání předmětů, řešení puzzles a bojování s nepřáteli. Pikminy můžete vypěstovat v tak velkém množství, aby překonali každého a nebo je pošlete sami a budou sežráni. Výzva je v tom, že musíte pracovat se strategií ve vyhledávání ovoce a porážení nepřátel, ale nebojte se, pokud se situace otočí proti vám, Pikmin 3 umožňuje vrátit se v čase a vypracovat znovu a lépe vaší strategii.

V Mission módu musíte plnit úkoly různé úkoly. Například porazit obávaného bosse nebo nasbírat co největší množství ovoce, v časovém limitu. Můžete hrát buď sami nebo v coop módu a získat nejvyšší skóre na online žebříčku, ve kterém můžete porovnat, jak si stojíte proti hráčům z celého světa.

Bingo Battle je kompetitivní multiplayer mód, který postaví vás a vašeho kamaráda proti sobě na rozličných mapách a vy tak musíte doplnit řadu speciálních pikminovských bingo karet. Pikmin Twist je, že každý čtverec na bingo kartě je nepřítel, kterého musíte sejmout a sebrat nebo nějaký předmět či ovoce, které musíte přinést. S nesčetným množstvím způsobů jak mapy hrát a pravidly, které si můžete přizpůsobovat si mohou nováčci i zkušení hráči užít rozličné taktiky, jak přelstít svého protihráče.

Wii U přináší do světa Pikminů svěží HD grafiku a zapojuje Wii U GamePad – nebo jinými slovy KopPad, jak je ovladač nazván ve hře – jako centrum vaší strategie. Můžete jej použít jako mapu, pro rozdělení vašich sil a nebo přelstít nepřítele například posláním tří průzkumníků do viditelných bodů v oblasti nebo prostudovat vaše akce na konci dne přehráním, abyste mohli vylepšit strategii. Je tu také kamera, která vám umožní zachytit fotografie ze hry a sdílet je v Miiverse. A pokud někdo jiný potřebuje televizi, můžete pokračovat ve hře přenesením do GamePadu pomocí funkce Off-TV Play.