Hlavním padouchem hry Batman: Arkham Origins je mezi fanoušky méně známý i oblíbený Black Mask. Během oznámení byl potvrzen i Deathstroke, který rovněž Batmanovi pořádně zatopí. Po něm ovšem půjdou i další padouši, protože se děj odehrává před předchozími díly, s mnohými se setká vůbec poprvé. Nyní se začaly objevovat v obchodech propagační materiály, které odhalují několik dalších padouchů. Mezi nimi je Joker, který samozřejmě nemůže chybět, jakožto Batmanův největší nepřítel, ale objeví se i Bane, Killer Croc, Scarecrow a Deadshot. Ještě několik padouchů si vývojáři nechávají na pozdější odhalení, je ale jasné, že během hraní potkáme i spoustu dalších známých postav. Dříve byl zmíněn třeba policista Jim Gordon nebo Tučňák.